Новый, быстрый и надежный метод профилирования отдельных ячеек

Многие типы клеток в нашем организме работают неясным образом, что наука еще не полностью понимает. Это также касается иммунных клеток, которые жизненно важны для защиты от серьезных заболеваний.

Чтобы преодолеть это препятствие, исследователи прилагают много усилий для поиска новых способов изучения внутренней работы отдельных клеток.

"Задача состоит не только в том, чтобы выделить отдельную клетку из образца ткани. Нам также нужно найти способ определить функцию отдельной клетки," говорит Кедар Нат Натараджан, доцент и главный исследователь кафедры биохимии и молекулярной биологии Университета Южной Дании.

В новом исследовании под руководством Кедара Нат Натараджана и Си Чена из института Wellcome Sanger группа исследователей разработала новый метод микроскопического профилирования крошечных отдельных клеток в органах и тканях.

Новый метод позволил им проанализировать более 3000 клеток селезенки, которая является горячей точкой для всех видов иммунных клеток – клеток, которые борются с инфекциями, но также обеспечивают ежедневный иммунитет и ответную реакцию.

Постоянно разрабатываются новые методы микроскопического профилирования крошечных отдельных клеток в органах и тканях. Принцип состоит в том, чтобы изучить базовую схему организма, т.е.е. ДНК и как она упакована в одной клетке. Эта упаковка называется хроматином и сигнализирует о том, какие гены в схеме включаются и выключаются, тем самым определяя, станет ли она клеткой крови, клеткой кожи, иммунной клеткой, раковой клеткой или клеткой другого типа.

"Наш новый метод профилирует хроматин в отдельных клетках и предлагает надежную, масштабируемую и более дешевую альтернативу современным методам, которые требуют дорогостоящей инфраструктуры, специализированных реагентов и оборудования," сказал Кедар Натх Натараджан.

Вместе с первым автором Си Ченом из института Wellcome Sanger он руководил разработкой новых методов и профилированием различных типов клеток, включая иммунные, стволовые клетки и т. Д. Другими сотрудниками Института Wellcome Sanger являются Рикардо Дж. Мирагаиа, и эта работа была выполнена в лаборатории автора-корреспондента Сары А. Тейхманн.

В аннотации статьи дается следующее описание:

"Анализ доступного для транспозаз хроматина с использованием секвенирования (ATAC-seq) широко используется для идентификации регуляторных областей по всему геному. Однако очень мало исследований было выполнено на уровне отдельной ячейки (scATAC-seq) из-за технических проблем. Здесь мы разработали простой и надежный метод scATACseq на основе планшетов, сочетающий предварительную групповую маркировку Tn5 с одноядерной сортировкой. Мы продемонстрировали, что наш метод надежно работает в различных системах, включая свежие и криоконсервированные клетки из первичных тканей. Путем профилирования более 3000 спленоцитов мы идентифицируем различные типы иммунных клеток и выявляем регуляторные области, специфичные для данного типа клеток, и связанные с ними факторы транскрипции."

Портал хороших новостей