На 96-й генеральной сессии Международной ассоциации стоматологических исследований (IADR), проведенной совместно с Панъевропейским региональным конгрессом IADR (PER), Александра Кларк, Лондонский университет королевы Марии, Бартс и Лондонская школа медицины и стоматологии, Англия провел стендовую презентацию под названием "Изучение микробной темной материи человеческого рта." Генеральная сессия IADR / PER & Выставка проходит в Лондоне, Англия, в Лондонском конференц-центре ExCeL с 25 по 28 июля 2018 г.
Профилирование бактериального сообщества, направленное на гены 16S рРНК, произвело революцию в знаниях о разнообразии бактерий, но недавно использование метагеномного анализа выявило присутствие бактерий, не обнаруженных ни при культивировании, ни при традиционном секвенировании генов 16S рРНК. Большинство этих новых организмов попадают в одну монофилетическую группу, Candidate Phyla Radiation (CPR). В этом исследовании Кларк и соавторы исследовали присутствие и разнообразие бактерий CPR во рту человека и стремились культивировать представителей CPR.
Для обогащения сахарибактерий (TM7) Кларк и соавторы использовали комбинацию обогащения последовательной гибридизацией колоний (CH) и жидкую культуру с потенциальными бактериальными хозяевами, а также культуру в смешанной модели биопленки in vitro из образцов слюны человека. Присутствие сахарибактерий и их относительное количество оценивали с помощью Q-PCR, FISH и секвенирования 16S.
Результаты показали, что CH позволил провести два независимых совместного выделения Saccharibacteria HOT352 / 353 с двумя хозяевами, но культуры Saccharibacteria были потеряны после пяти и восьми пассажей. Жидкие культуры привели к стабильному совместному культивированию Saccharibacteria, но более высокие урожаи были получены, когда упрощенное сообщество, полученное с помощью CH, размножалось как смешанная культура в модели биопленки после предварительной амплификации в жидкой культуре.
Комбинация CH и минимальная концентрация уничтожения биопленок очень перспективны для культивирования видов Saccharibacteria. Культивирование бактерий CPR даст представление об их необычном образе жизни и метаболизме, а также о роли в здоровье полости рта и заболеваниях.