Калифорнийский университет в Сан-Диего и Калифорнийский университет в Сан-Франциско запускают новую инициативу по картированию раковых клеток

Исследователи из Калифорнийского университета, Медицинской школы Сан-Диего и Калифорнийского университета в Сан-Франциско при поддержке разнообразной команды сотрудников запустили новый амбициозный проект, получивший название Инициатива карты раковых клеток или CCMI, чтобы определить, как все компоненты раковой клетки взаимодействуют.

"Мы собираемся нарисовать полную электрическую схему раковой клетки," сказал Неван Кроган, доктор философии, директор подразделения QB3 Калифорнийского университета в Сан-Франциско, исследовательского института и ускорителя наук о жизни, исследователь в Институте Гладстона и содиректор CCMI с Треем Идекером, доктором философии, руководителем медицинской генетики Калифорнийского университета в Сан-Диего. Департамент медицины и основатель Центра вычислительной биологии Калифорнийского университета в Сан-Диего & Биоинформатика.

В последние годы прогресс в секвенировании генома позволил расшифровать сотни мутаций, обнаруженных в опухоли пациента. Но лишь в нескольких случаях ученые понимают, как эти мутации вызывают рак, или указывают, какие методы лечения следует применять. Что еще более загадочно, мутации, обнаруживаемые у каждого пациента, почти всегда разные – даже если они могут привести к одному и тому же типу рака.

Долгое время считалось, что, хотя эти мутации уникальны для отдельных людей, они захватывают одни и те же характерные пути рака или генетические цепи. Исследователи говорят, что для интерпретации геномных данных необходима полная электрическая схема клетки, которая детализирует все связи между нормальными и мутировавшими генами и белками.

"У нас уже есть геномная информация. Проблема в том, как интерпретировать геномы рака," сказал Идекер. Исчерпывающая карта раковых клеток поможет и ускорит разработку персонализированной терапии – центральной цели "прецизионная медицина."

Кроган согласился: "Ключ к пониманию геномной информации – это возможность поместить ее в биологический контекст. Мутации в опухолевой ДНК, которые на первый взгляд кажутся несвязанными, на самом деле могут быть сгруппированы по определенным путям или многобелковым машинам в клетке. Информация в контексте будет указывать на области, на которые мы можем воздействовать с помощью конкретных методов лечения."

CCMI сочетает в себе опыт Калифорнийского университета в Сан-Диего в извлечении знаний из больших наборов биомедицинских данных с достижениями, разработанными в UCSF для экспериментального исследования структуры и функции клеток. Это многомиллионное сотрудничество между Онкологическим центром Калифорнийского университета в Сан-Диего Мур и Семейным комплексным онкологическим центром UCSF Хелен Диллер; финансируется QB3 в UCSF, Калифорнийском университете в Сан-Диего Health Sciences и при поддержке Фреда Ладди, основателя ServiceNow, поставщика программного обеспечения для управления корпоративными услугами.

"Сочетание медицинских исследований и высоких технологий – наша лучшая возможность понять и избавить планету от коварных болезней, таких как рак," – сказал Ладди, член консультативного совета онкологического центра Мура. "Я очень рад и польщен возможностью поддержать этот великий рубеж."

Скотт Липпман, доктор медицины, и Алан Эшворт, доктор философии, FRS, директора комплексных онкологических центров Калифорнийского университета в Сан-Диего и UCSF, соответственно, предоставят доступ к образцам тканей, предоставленных пациентами, проходящими лечение от рака. Образцы представляют собой библиотеку мутаций, связанных с заболеванием.

"CCMI – это пример лучшей совместной науки," сказал Липпман. "Он объединяет сильные стороны нескольких институтов и объединяет их экспоненциально более мощными способами. И в основе этого лежат реальные люди – реальные пациенты с онкологическими заболеваниями. Именно их истории и истории, содержащиеся в их ДНК, в конечном итоге помогут нам раскрыть самые темные и самые сложные секреты рака."

Добавлен Эшворт: "За последние несколько лет анализ генома выявил многие из часто встречающихся мутаций при раке человека. Оптимальное использование этого потребует детального понимания того, как эти генетические изменения подрывают нормальные клеточные функции. Понимание, которое создаст этот проект, будет иметь решающее значение для достижения этой цели. Я очень рад участвовать в этой инициативе."

CCMI обеспечит ключевую инфраструктуру для недавно объявленного альянса между UC San Diego Health Sciences и базирующейся в Сан-Диего Human Longevity Inc., который планирует создать тысячи опухолевых геномов от больных раком Калифорнийского университета в Сан-Диего. Он также будет использовать ресурсы и информацию из Национального института рака (NCI), в том числе большие базы данных геномов и путей рака, которые разрабатываются в сотрудничестве с Суперкомпьютерным центром Сан-Диего и Калифорнийским университетом в Санта-Круз.

Дэвид Хаусслер, директор QB3 в Калифорнийском университете в Санта-Круз и создатель браузера NCI Cancer Genomics Browser, сказал:, "Это прекрасная возможность использовать уникальный репозиторий NCI 1.5 петабайт данных геномики рака в сочетании с протеомными и функциональными данными, чтобы глубже погрузиться в молекулярные процессы рака."

Портал хороших новостей