После секвенирования более 400 различных геномов вируса Западного Нила ученый НАУ обнаружил, что два сообщения о вирусе Западного Нила в округе Коконино поступили из двух разных мест. Один мигрировал на север из области Феникса. Другой немного больше загадки.
Все началось с образцов со всего запада Соединенных Штатов, поступивших в лабораторию биолога-эволюциониста Кристал Хепп, которая работает как со Школой информатики, вычислений и киберсистем, так и с Институтом патогенов и микробиома Университета Северной Аризоны. Она сотрудничает с десятком различных департаментов общественного здравоохранения на Западе. Они отправляют ей образцы Западного Нила (ВЗН), обнаруженные в их районах, и ее команда секвенирует вирусные геномы и анализирует данные, чтобы восстановить генеалогическое древо каждого образца, что позволяет ей определить, как вирус распространяется с течением времени и по всему региону.
В данном случае Департамент здравоохранения округа Коконино отправил ей два образца, один из которых был обнаружен у комаров на озере Мэри, а другой в районе Чешира, оба в конце августа. Хепп секвенировал геномы штаммов вируса, сравнил их со штаммами вирусов, которые она секвенировала из других регионов, и обнаружила, что два штамма вируса не являются результатом локальной циркуляции вируса, то есть они не передавались среди птиц и комаров в страна. Штамм Cheshire тесно связан со штаммами, циркулирующими в округе Марикопа, в то время как штамм Lake Mary наиболее тесно связан со штаммом, который ее команда секвенировала из Монтаны в 2018 году, хотя штамм Lake Mary показал несколько различных мутаций от штамма Montana.
Это было неожиданно, сказал Хепп. Вероятно, это также хорошо для округа Коконино.
"Мы часто думаем, что самый простой ответ – наиболее вероятный ответ," она сказала. "Было бы разумно, если бы эти два штамма, разделенные всего на 10 миль, были вызваны одним и тем же событием завоза. С точки зрения общественного здравоохранения, обнаружение того, что эти два штамма происходят из двух разных мест, является хорошей новостью. Если бы они были тесно связаны, это означало бы, что WNV, вероятно, проходил через птиц и комаров в 10 милях от округа Коконино. Мы надеемся, что два отдельных введения только что прошли на велосипеде в очень локализованных географических местах, где они были обнаружены, а не через 10 миль, и что они просто исчезают."
"Мы очень заинтересованы в понимании взаимосвязи между штаммами, циркулирующими на Юго-Западе," Хепп сказал. "Это позволяет нам определить, например, ситуация с WNV в округе Марикопа для других юго-западных мест. WNV из округа Марикопа дополнительно распространился на округ Вашингтон, штат Юта; Округ Риверсайд, Калифорния; и округа Юма, штат Аризона, в прошлом, и мы хотели бы продолжить разработку модели прогнозирования, которая могла бы информировать округа о рисках на основе исторических закономерностей и данных об окружающей среде."
С 2010 г. в округе Коконино не было зарегистрировано ни одного случая заболевания людей из Западного Нила.
Западный Нил является наиболее распространенным заболеванием, передаваемым комарами, в штате, хотя его масштабы трудно измерить, потому что только около 20 процентов инфицированных людей даже осознают, что они больны. Большинство из тех, кто испытывает симптомы, чувствуют, что у них грипп, но примерно у одного из 150 инфицированных развивается серьезное заболевание, такое как энцефалит или менингит, которое может быть фатальным.