В ходе новаторских усилий, в результате которых было получено огромное количество данных о последовательностях ДНК от 12 человек, команда при поддержке Национальных институтов здравоохранения (NIH) продемонстрировала осуществимость и ценность новой стратегии выявления относительно редких генетических вариантов, которые могут вызывать или способствовать возникновению болезнь. Результаты проверки концепции были опубликованы в Интернете сегодня в журнале Nature.
Исследователи начали с разделения 12 образцов геномной ДНК на фрагменты, а затем с помощью специальных зондов захватили только те фрагменты, которые содержали экзоны. Полученные 12 коллекций экзомов были затем секвенированы и проанализированы. В целом, в рамках проекта было определено 300 миллионов оснований последовательности ДНК – самый большой набор данных о кодирующей последовательности человека, полученной на сегодняшний день с помощью более совершенных технологий секвенирования второго поколения.
Сравнение последовательностей экзома с общедоступной последовательностью генома человека подчеркнуло чувствительность этого метода для обнаружения генетических вариаций, как общих, так и редких. Исследователи смогли идентифицировать ряд этих ошибок в написании ДНК, таких как редкие и распространенные однобуквенные вариации, известные как однонуклеотидные полиморфизмы, или SNP, а также вставки и делеции последовательностей в генах.
Из ДНК четырех человек с синдромом Фримена-Шелдона исследователи смогли точно определить причинный генетический вариант, применив многоступенчатую систематическую стратегию для фильтрации общих вариантов и вариантов, специфичных для каждого человека. Полученные данные демонстрируют, что секвенирование экзомов небольшого числа неродственных людей с заболеванием, вызванным одним геном, может служить в качестве сканирования всего генома для выявления причинного гена. В рамках крупных популяционных исследований исследователи предполагают, что секвенирование экзома может быть использовано для выявления генов, которые повышают риск более распространенных мультигенных заболеваний, таких как диабет или рак.
Дополнительная информация: Для получения дополнительной информации о проекте Exome перейдите на www.нхлби.Национальные институты здравоохранения США.правительство / ресурсы / exome.htm
Источник: NIH / Национальный институт сердца, легких и крови (новости: в Интернете)