Ресурс, названный Геномной Метабазой данных Обсерваторий (GeOMe), был развит исследователями в Национальном музее Смитсоновского института Естествознания и восьми других музеях и научно-исследовательских институтах. Это связывает общедоступные генетические данные с отчетами того, где и когда образцы были собраны, предоставив контекстную информацию, которая до сих пор отсутствовала в широко общих базах данных.
Такая информация очень важна для сравнения биоразнообразия в различных местоположениях во всем мире и отслеживании его через время. Но несмотря на призывы к большему количеству совместного использования данных в научном сообществе, исследователи до сих пор испытали недостаток в инструментах, чтобы сделать эту информацию легко доступной.Разработчики базы данных, описанной 3 августа в журнале PLOS Biology, сказали, что стандартизация и сохранение этих метаданных значительно увеличат ценность генетических данных о последовательности, которые уже собирают исследователи. С GeOMe исследователи будут в состоянии найти и получить доступ к генетическим данным, собранным в определенные времена и места где угодно в мире, позволяя им задать большие вопросы о структуре и устойчивости жизни на планете.
Например, они могли бы заняться расследованиями, как жители определенной высоты во всем мире перешли, поскольку климат планеты изменился.«Биоразнообразие отслеживания через глобальное изменение – совместное усилие», сказал Кристофер Мейер, зоолог исследования в Национальном музее Естествознания, который помог привести развитие GeOMe. «Мы не можем сделать этого самостоятельно.
GeOMe продвинет большие данные и открытие для будущего, позволяя сумме научной деятельности далеко превысить отдельные продукты исследования».У ученых, которые анализируют экологические образцы – являются ли они заводами или животными или всеми сообществами микробов, собранных от океанов, пресноводных или земля – есть свои собственные системы для того, чтобы отслеживать то, когда то, где те образцы были собраны. Но для более широкого научного сообщества, такую информацию было трудно получить и невозможный всесторонне искать.
GeOMe предоставляет решение, постоянно связав информацию о временном, экологическом, геопространственном и академическом контексте образцов к генетическим данным о последовательности, хранившим Национальным Центром информации о Биотехнологии.Мейер сказал, что он и его коллеги посвятили время и ресурсы к развитию GeOMe, потому что они знали, что это будет мощный инструмент, чтобы ускорить открытие.
Как ученые музея, они признают ценность отслеживания и сохранения информации. И как лидер в приобретении и распространении знания о биоразнообразии, сказал Мейер, для Национального музея Естествознания было важно играть ключевую роль.Разработчики GeOMe, включая Эрика Крэндола в Университете штата Калифорния, Монтерей, залив, Мишель Гетэр в Институте Гавайев Морской Биологии и Джона Дека в Музеях Естествознания Беркли, работал, чтобы гарантировать, что ресурс прост в использовании и приспосабливаем к широкому спектру потребностей.
С базой данных и набором инструментов, в свободном доступе научному сообществу, научные журналы могут теперь передать под мандат это, авторы делают свои метаданные доступными в доступном для поиска и стандартизированном формате, так же, как они долго делали для генетических данных о последовательности, сказали они.Значительно, примечания команды, данные в GeOMe будут соответствовать стандартам, разработанным Геномным Консорциумом Стандартов и организацией Стандартов информации о Биоразнообразии, гарантируя, чтобы submitters захватили и сделали запись той же самой существенной информации о каждом образце.
Эти стандарты гарантируют, что в будущем, исследователи будут в состоянии провести исследования через наборы данных.«[Наше знание] биоразнообразие пишется через геномные данные – но данные не означают много, если Вы не можете поместить его в контекст», сказал Мейер. «Если мы не начнем осуществлять инструмент как это теперь, наши данные будут менее полезными навсегда».