Подвергаемые опасности и неуловимые разновидности по определению могут быть и редкими и трудными определить местонахождение. В результате генетики сохранения, как правило, должны полагаться на источники ДНК, собранной неагрессивно, такой как от волос, перьев или экскрементов.
Вплоть до сих пор эти подходы были довольно успешны в получении генетической информации от горстки маркеров через геном. Однако так называемая ‘ДНК следующего поколения, упорядочивающая’ (NGS) теперь, позволяет исследователям собирать серьезные объемы генетических данных по масштабу всех геномов, все же необходимые требования для использования такой технологии могут не быть доступны в большинстве случаев для вымирающих видов. Например, NGS, как правило, требует высококачественных и больших количеств стартовой ДНК, извлеченной из новых тканей или крови.
Приобретение таких материалов тривиально для людей; простая швабра щеки будет обычно делать. Дело обстоит не так, скажем, для Амурского леопарда, который и редок и неуловим. В таких случаях ученые и менеджеры должны полагаться на неагрессивно собранные источники ДНК, которые, как правило, приводят к низкому качеству и низкому количеству стартового материала.
Новое исследование, опубликованное в находящемся в открытом доступе журнале PeerJ исследователей в Университете Британской Колумбии (UBC) и SNPsaurus LLC, демонстрирует, что неразрушающая выборка, которая важна для многих связанных с сохранением исследований, теперь совместима с минимальными требованиями для использования технологий NGS. В результате теперь будет возможно далее расширить область генетики сохранения в эру геномики.
«Мы смогли собрать данные всего генома от естественного населения неуловимого и чувствительного к климату американского pika в масштабе, неслыханном всего несколько лет назад,» говорит доктор Майкл Расселло, Адъюнкт-профессор в UBC и научный руководитель исследования. Инновационный подход сбора данных, введенный впервые доктором Эриком Джонсоном и доктором Полом Эттером из SNPsaurus LLC, обоими соавторами исследования, позволил выборку почти 10 000 переменных мест в американском pika использовании генома, в некоторых случаях, всего 1 нанограмм (миллионный из грамма) стартовой ДНК, извлеченной из волос. «Есть огромные преимущества для расширения нашей оценки генома, изучая разновидности беспокойства сохранения, поскольку это значительно улучшает наши выводы ключевых генетических особенностей населения и открывает новые пути для запроса в форме потенциальной идентификации тех частей генома, которые вовлечены в способность организмов приспособиться к меняющимся условиям,» добавляет доктор Руссельо. Использование NGS на неагрессивно собранных образцах не без его проблем, но может быть преодолено с массой внимательных рассмотрений, на которые указывают авторы.
В эру, в которую глобальное биоразнообразие продолжает уменьшаться по ставкам, согласовывающимся с массовым исчезновением, реставраторы и менеджеры могут теперь добавить геномику к своему набору инструментов для попытки зарегистрировать и полностью изменить эту тенденцию.